Le contrôle interne déployé dans les ministères a pour objectif d’assurer la maîtrise des risques liés à la gestion des politiques publiques qu’ils ont en charge. Il s’entend comme l’ensemble des dispositifs formalisés et permanents décidés par chaque ministre, mis en œuvre par les responsables de tous les niveaux, sous la coordination du secrétaire général du département ministériel, qui visent à maîtriser les risques liés à la réalisation des objectifs de chaque ministère. Il se décline pour toutes les activités, y compris celles relatives à la gestion budgétaire et comptable.
Établi selon les normes du COSO, instance de référence internationale en matière de gestion des risques, le contrôle interne poursuit quatre objectifs opérationnels, le respect des lois, règlements et contrats, la protection du patrimoine, la fiabilité et l’intégrité des informations financières et opérationnelles ainsi que l’efficacité et l’efficience des opérations. Le COSO définit par ailleurs 5 catégories (appelées composantes) dont relèvent les dispositifs que tout organisme doit définir et mettre en œuvre pour atteindre ces objectifs, et in fine maîtriser au mieux ses activités.